Um procedimento muito comum na medicina veterinária é a lavagem de cavidades, que ocorre em casos de infecção. O ozônio possui uma ação anti-microbiana agindo diretamente sobre a membrana celular, por este motivo não temos resistência bacteriana ao tratamento.
Além disso, ele ainda promove analgesia, e regeneração das células do tecido lesado. A associação de ozônio em procedimentos de lavagem é indicados para infecções, peritonite e cistite.